- Seksi Zoologi, yang semula merupakan bagian Fakultas Kedokteran, Kedokteran Gigi, dan Farmasi UGM.
- Seksi Botani, yang semula merupakan bagian Fakultas Pertanian dan Kehutanan UGM.
Tokoh pembina pertama Fakultas Biologi UGM ialah Prof. Drs. R. Radiopoetro (alm) sebagai Dekan pertama dan Prof. drg. R.G. Indojono (alm) sebagai Sekretaris Fakultas. Tokoh lain dalam pendirian Fakultas Biologi antara lain Prof. dr. Soewasono (alm), Prof. Ir. Gembong Tjitrosoepomo (alm), dan Ir. Soeryo Sodo Adisewoyo (alm).
Mahasiswa angkatan pertama adalah mahasiswa yang mengikuti pendidikan Baccalaureat Biologi pada Fakultas Kedokteran, Kedokteran Gigi, dan Farmasi. Pada waktu itu, Fakultas Biologi UGM berada di Kompleks Mangkubumen, Yogyakarta, bersama Fakultas Kedokteran, Kedokteran Gigi, dan Farmasi. Sejak tahun 1970, Fakultas Biologi UGM menempati kampus di Sekip Utara Yogyakarta.
Dari awal berdiri hingga tahun 1979, Fakultas Biologi menyelenggarakan pendidikan tingkat sarjana muda (B.Sc.) yang dapat ditempuh selama tiga tahun, kemudian dilanjutkan ke tingkat sarjana (Drs.) yang dapat ditempuh selama dua tahun. Sejak tahun 1980, pendidikan tingkat sarjana muda dan sarjana diganti dengan program sarjana strata 1 (S1) dengan sistem kredit semester dan dapat diselesaikan dalam waktu empat tahun.
Antara tahun akademik 1983/1984 hingga 1994/1995, Fakultas Biologi UGM menyelenggarakan tiga program studi, yaitu Program Studi Botani, Program Sudi Zoologi, dan Program Studi Lingkungan berdasarkan SK Mentri P&K no. 0553/0/1983 tertanggal 8 Desember 1983. Setelah tahun akademik 1994/1995, hanya satu program studi, yaitu Program Studi Biologi, yang diselenggarakan berdasarkan SK Mendikbud no. 056/U/1994 tertanggal 19 Maret 1994 dan SK Mendikbud no. 0219/U/1995 tertanggal 25 Juli 1995.
