Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada telah mencanangkan diri untuk mengimplementasikan pembelajaran dengan menerapkan pendidikan dengan kurikulum berbasis outcome (outcome-based education) sesuai dengan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI http://www.kkni-kemenristekdikti.org/) untuk pendidikan program studi sarjana (S1) dan pascasarjana (S2 dan S3). Seluruh program studi biologi di Fakultas Biologi UGM telah terakreditasi A oleh BAN – PT. Akreditasi tersebut berlaku hingga 24 Januari 2020 untuk Prodi S1, dan masing-masing hingga 20 Maret 2021 dan 7 Nopember 2020 untuk Prodi S2 dan S3. Selain itu, Prodi S1 juga telah terakreditasi internasional oleh Accreditation Agency Specialized in Accrediting Degree Programs in Engineering, Informatics, the Natural Sciences and Mathematics (ASIIN Jerman). Hal ini menunjukkan bahwa Fakultas Biologi UGM telah diakui sebagai program studi yang unggul di Indonesia dan juga diakui secara internasional. Dalam tahun mendatang Prodi S2 juga akan mengajukan akreditasi ASEAN University Network Quality Assurance (AUN – QA).
Untuk selalu meningkatkan kualitas pembelajaran dari waktu ke waktu dan dalam rangka persiapan re-akreditasi, Fakultas Biologi UGM melaksanakan audit mutu internal terintegrasi (AMI terintegrasi) pada 16 Agustus 2018. Kali ini, Fakultas Biologi di audit oleh Dr. rer.nat. Nurul Hidayat, Aprilita, S.Si., M.Si. (Fakultas MIPA UGM), Dr. drh. Agustina Dwi Wijayanti, M.P. (Fakultas Kedokteran Hewan UGM), dan Ir. Eny faridah, M.Sc., Ph.D. (Fakultas Kehutanan UGM) sebagai auditor eksternal. Sedangkan untuk auditor internal, dalam audit ini melibatkan Prof. Dr. Tjut Sugandawaty, M.Sc., Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D. dan Drs. Ign. Sudaryadi, M.Kes. Audit pada siklus ini meliputi audit pada tingkat Fakultas, Audit Prodi S1, S2, dan S3, serta visitasi ke laboratorium.
Pada acara pembukaan AMI, Dr. Budi Setiadi Daryono, M.Agr.Sc. selaku Dekan Fakultas Biologi UGM menyampaikan bahwa audit mutu internal telah dilaksanakan secara regular untuk terus meningkatkan kualitas pembelajaran secara berkelanjutan sesuai dengan visi UGM “ Ginong Prati Dino”.
Setelah pembukaan, audit tingkat Fakultas dilaksanakan dan dihadiri oleh jajaran pengelola Fakultas, yaitu Dekan, segenap Wakil Dekan, Kepala dan Sekretaris Departemen. Untuk Audit Prodi, masing-masing menghadirkan masing-masing ketua Prodi, staf dosen, tenaga kependidikan, dan mahasiswa. Kemudian dilanjutkan dengan visitasi ke laboratorium di Fakultas Biologi yang terdiri dari 12 laboratorium. Seluruh temuan dan observasi auditor akan ditindaklanjuti dalam Rapat Tinjauan Manajemen (RTM) untuk melakukan respon perbaikan mutu sesuai dengan rekomendasi para auditor.