(01/04)
MicroLab Scientific Series kali ini menghadirkan dua narasumber yaitu Afif Pranaya Jati, S. P., M. Sc., merupakan alumnus Fakultas Pertanian UGM (Sarjana) dan University of Groningen (Master). Narasumber kedua yaitu Periskila Dina Kali Kulla, S. Pd., merupakan mahasiswa S2 Fakultas Biologi UGM. Diskusi dan sharing penelitian selama 60 menit yang diselenggarakan oleh Laboratorium Mikrobiologi turut dihadiri oleh Dosen, Peneliti dan Asisten Laboratorium serta peneliti berpengalaman di bidang mikrobiologi.
Narasumber pertama yaitu Afif Pranaya Jati, S. P., M. Sc., membahas tentang “Identifikasi dan Produksi Lantibiotik Baru dari Clostridium melalui Ekspresi Heterolog di Lactococcus lactis”. Penelitian ini bertujuan untuk untuk mengidentifikasi dan menghasilkan lantibiotik baru dari genus Clostridium yang belum ditemukan. Dengan adanya kemampuan nisin dari Clostridium yang menginduksi sistem ekspresi gen (NICE) di Lactococcus lactis untuk memodifikasi peptida kecil menjadi lanthipeptida, memberikan peluang yang menarik bagi produksi antimikroba baru untuk memerangi berbagai patogen. Salah satu metode yang dilakukan untuk identifikasi maupun produksi lantibiotik menggunakan sistem dengan prinsip eksploitasi untuk menghasilkan lantibiotik “baru ke alam” dari berbagai organisme menggunakan sintetis pendekatan Biologi. Metode analisis in silico dengan BAGEL3 dan Anti-SMASH, sehingga dihasilkan 54 gen yang diduga merupakan lantibiotik baru dari Clostridia. Selanjutnya, berdasarkan uji kebaruan dan kompatibilitas dengan sistem ekspresi, 12 gen lantibiotik dari 54 gen tersebut, terpilih sebagai kandidat lantibiotik dan diuji untuk produksi melalui ekspresi heterolog di Lactococcus lactis. Menariknya, 11 peptida kecuali Clos16 menampilkan antimikroba aktivitas terhadap L. lactis NZ9000 sebagai strain indikator. Clos4, Clos12, Clos22 dan ClosDP dapat menjadi lantibiotik terhadap Micrococcus flavus. Selain itu, Clos2, Clos14 dan ClosDP menunjukkan aktivitas antimikroba terhadap Clostridium sporogenes dan Micrococcus luteus. Namun demikian, analisis spektrometri massa menggunakan MALDI-TOF dan LCMS / MS mengungkapkan adanya beberapa serine yang telah terdehidrasi dan/atau treonin dalam beberapa kandidat lantibiotik, merupakan indikator keberhasilan produksi dan sekresi novel lantibiotik dari genus Clostridium oleh mesin sintetik nisin (L. lactis).
Narasumber kedua yaitu Periskila Dina Kali Kulla, S. Pd., telah mempresentasikan proposal penelitannya tentang “Identifikasi dan Uji Aktivitas Bakteri Asam Laktat pada Fermentasi Makanan ‘Ubi Karet Busuk’ dari Nusa Tenggara Timur”. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan identifikasi keanekaragaman Bakteri Asam Laktat (BAL) pada fermentasi makanan ubi karet busuk dari NTT secara molekular serta mengetahui aktivitasnya. Pada sebagian daerah di Indonesia seperti Nusa Tenggara Timur, masih menggunakan Ubi Karet (Manihot esculenta) sebagai sumber karbohidrat utama dan pada umumnya dikonsumsi dengan cara direbus, digoreng, dibuat tepung, dan difermentasikan. Fermentasi yang dilakukan pada ubi karet bertujuan untuk memecah karbohidrat, meningkatkan kualitas rasa, dan mengurangi kandungan racun pada ubi karet yaitu sianida. Fermentasi pada ubi karet diakibatkan karena adanya aktivitas bakteri asam laktat (BAL). Sehingga perlu diketahui keanekaragaman BAL pada proses fermentasi ubi karet busuk, pengamatan yang dilakukan yaitu dengan sampling ubi karet pad hutan di salah satu daerah di NTT, kemudian dianalisis aktivitas fermentasinya yaitu konten gula, konten protein, dan kadar asam. Uji selanjutnya yaitu isolasi BAL untuk dilakukan karakterisasi berdasarkan karakter fenotip (pewarnaan gram, motilitas, uji katalase, dan uji homofermentatif atau heterofermentatif) dan identifikasi molekular menggunakan 16S rRNA. Dari presentasi dan diskusi yang telah dilakukan, diharapkan kegiatan ini dapat menjadi inspirasi bagi peneliti untuk mengembangkan ide dan gagasan dalam penelitian yang akan memperkaya wawasan untuk menyelesaikan permasalahan Indonesia.
Kontributor: Esa Erhana
