(03/08)
Berakhirnya paket 4 pelatihan Teknik Sitogenetika, Genetika Molekuler, dan Bioinformatika pada tanggal 2 Agustus 2019 menandai berakhirnya rangkaian pelatihan yang telah dimulai sejak tanggal 22 Juli 2019. Paket terakhir yang bertemakan Analisis metagenomik dengan Next-Generation Sequencing (NGS) diikuti oleh 26 peserta dari 20 instansi/Perguruan Tinggi dari 10 Provinsi berbeda. Acara tema-4 ini dibuka pada tanggal 1 Agustus 2019 oleh Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D. selaku kepala Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada. Selama 2 hari pelatihan, peserta diperkenalkan dengan konsep dan dasar-dasar dari NGS, metataksonomik, dan metagenomik, serta genome mining yang dilakukan melalui sesi perkuliahan dan praktikum secara langsung melalui laptop pribadi peserta.
Bioinformatika sebagai konsep yang diusung memang tidak dapat berdiri sendiri dalam suatu disiplin ilmu. Hal tersebut wajar terjadi ditengah era disruption seperti saat ini. Beberapa disiplin ilmu penting untuk mendukung perkembangan bioinformatika yaitu matematika, ilmu komputer, statistika, dan utamanya biologi sehingga dalam Paket 4 pelatihan ini, Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Fakultas Biologi UGM bekerjasama dengan Laboratorium Bioteknologi Fakultas Biologi UGM. Dua orang pemateri, yaitu Matin Nuhamunada, M.Sc. dan Afif Pranaya Jati, S.P., M.Sc., yang masing-masing menyampaikan materi analisis studi metataksonomik dan metagenomik pada mikrobioma dan konsep dasar Next-Generation Sequencing (NGS).
Hari pertama pelatihan diisi dengan perkuliahan dan praktikum secara dry lab dengan fokus kepada konsep dasar NGS dan metagenomik. Peserta diwajibkan untuk register terlebih dahulu ke eLOK sebagai platform e-Learning yang dikembangkan oleh UGM untuk mengikuti pelatihan ini secara komprehensif dan berkelanjutan. Dalam mengolah data hasil NGS maka digunakan platform usegalaxy.eu yang didalamnya terlah terdapat pipeline mothur. Dihasilkan file .BIOM dan visualisasi melalui krona pada hasil output usegalaxy.eu. Pada hari kedua, peserta melakukan eksplorasi data mikrobioma baik metataksonomik maupun metegenomik melalui database EBI MGnify. Selanjutnya dilakukan analisis data output file .BIOM dari usegalaxy.eu menggunakan aplikasi MEGAN6. Sesi praktikum diakhiri dengan melakukan genome mining menggunakan AntiSMASH 5.0 untuk memprediksi gen-gen metabolit sekunder yang “tertidur” namun potensial untuk dikembangakan, khususnya sebagai antibakteri. Pelatihan paket 4 ditutup oleh Indra Lesmana, M.Sc. selaku Ketua Pelaksana Pelatihan Teknik Sitogenetika, Biologi Molekuler, dan Bioinformatika 2019 dan dilanjutkan dengan foto bersama. Respon positif disampaikan peserta secara umum dan mengapresiasi pelatihan ini, sehingga akan lebih baik kedepannya.
