Pada hari Rabu (10/03/2021), telah dilaksanakan Kuliah Tamu Bioinformatika dengan tema “Bioinformatics in comparative genomics and genomic surveillance” secara daring melalui aplikasi Zoom. Kuliah ini diikuti oleh mahasiswa yang mengambil mata kuliah Bioinformatika Program Sarjana pada Semester Genap Tahun Ajaran 2020/2021.
Kuliah tamu ini mengundang Kepala Bidang Penelitian PT. Riset Perkebunan Nusantara, Riza Arief Putranto, PhD, DEA (Alumni Fakultas Biologi UGM 2000). Selain bekerja di perusahan perkebunan milik BUMN tersebut, Riza juga merupakan peneliti di Indonesian Research Institute for Biotechnology and Bioindustry (IRIBB), founder Aligning Bioinformatics (ALIBI), serta ketua Indonesian Scociety for Bioinformatics and Biodiversity (MABBI). Acara dimulai pukul 07.00 WIB yang diikuti oleh ± 140 mahasiswa dan dibuka oleh Dr. Tuty Arisuryanti, selaku Koordinator Mata Kuliah Bioinformatika. Perkuliahan ini juga dipandu oleh Lisna Hidayati, S.Si., M. Biotech sebagai moderator.
Perkuliahan diawali dengan penjelasan singkat mengenai bioinformatika di dua sisi, yaitu dapat digunakan untuk identifikasi/ komparasi genom dan untuk melacak mutasi gen virus yang saat ini menjadi topik yang sedang ramai diperbincangkan. Terdapat 3 poin penting yang disampaikan Riza pada sesi kuliah ini, yaitu penjelasan mengenai gambaran umum bioinformatika, riset komparatif genomika dan pembahasan hubungan bioinformatika dengan COVID-19. “Bioinformatika merupakan ilmu yang sangat fleksibel, yang tidak hanya bisa masuk di bidang biologi, namun juga dapat digunakan di bidang statistik,matematika , dll”, ungkap Riza. Landasan bioinformatika dapat digunakan untuk melakukan riset terkait genome editing dan protein modelling yang berfungsi dalam memproduksi pupuk, bio-fertilizer, senyawa-senyawa yang diperlukan dalam analisis laboratorium, nursery dan perkebunan. Bioinformatika saat ini berperan penting dalam integrasi database GenBank (Multi-OMICs Central Hub). Riza juga menceritakan mengenai penelitian pada tanaman karet yang telah dilakukannya pada saat studi.
Tanaman karet merupakan komoditas perkebunan yang banyak ditanam karena produksi susu lateksnya, produksi ini bergantung pada durasi aliran dan kuantitas lateks. Sehingga penelitian mengenai gen yang bertanggung jawab pada regerasi batang karet sangatlah penting dalam peningkatkan produksi susu lateks. Untuk itu Riza melakukan analisis transkriptomik dengan cara mengambil sampel tanaman karet kemudian dilakukan running sequencing yang hasilnya disimpan pada database agar semua informasi pada tanaman karet dapat diketahui. Setelah didapatkan databasenya, Riza melakukan analisis gene ontology classification dan studi komparatif genomik. Dari analisis tersebut dapat diketahui kelompok gen yang berkaitan dalam ekspansi sel kayu dan yang bertanggung jawab dalam regenerasi jaringan penghasil susu lateks adalah kelompok gen COBRA.
Pada topik terakhir Riza membahas mengenai peran bioinformatika pada penelitian mengenai virus SARS-CoV-2. Genome sequencing berperan penting dlm mengetahui struktur genome SARS-CoV-2, mengidentifikasi keberadaan virus SARS-CoV-2 pada pasien, melacak persebaran virus dan perkembangan mutasinya. “RNA-dependent RNA polymerases (RdRp) pada virus diibaratkan dengan mesin ketik karena sering terjadi kesalahan dalam proses transkripsinya sehingga mudah terjadi mutasi virus”, kata Riza. Mempelajari studi mutasi virus ini sangat penting digunakan dalam perancangan vaksin. Riza berharap dengan potensi bioinformatik yang bisa dilibatkan di banyak bidang ini menarik minat mahasiswa Biologi untuk mulai mempelajarinya.
