Mengacu kepada Keputusan Rektor UGM No. 259/P/SK/HT/2004 tentang organisasi dan rincian tugas kantor pimpinan universitas, lembaga, direktorat, biro, dan unit kerja di Lingkungan UGM, organisasi Fakultas Biologi terdiri atas:Senat Fakultas, yaitu badan normatif tertinggi yang anggotanya terdiri dari Dekan, para Wakil Dekan, para Guru Besar, dan Wakil Dosen. Senat Fakultas bertugas menjabarkan kebijakan dan peraturan Universitas pada Fakultas serta memberikan pengarahan, pengaturan, pengawasan, pengembangan penalaran, dan pertimbangan pada pimpinan Fakultas.
Pimpinan Fakultas, yang terdiri atas:
Dekan, yang bertugas memimpin pelaksanaan pendidikan dan pengajaran, penelitian, dan pengabdian masyarakat serta pembinaan sivitas akademika di lingkungan Fakultas.
Wakil Dekan Bidang Akademik dan Kemahasiswaan, yang bertugas mewakili Dekan dalam memimpin pelaksanaan pendidikan dan pengajaran, serta pendidikan yang bersifat kokurikular
Wakil Dekan Bidang Keuangan , Aset dan Sumber Daya Manusia yang bertugas mewakili Dekan dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di Bidang Administrasi Umum serta terkait dengan Sumber Daya Manusia Fakultas
Wakil Dekan Bidang Penelitian, Pengabdian Masyarakat dan Kerjasama yang bertugas mewakili dekan dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang penelitian, pengabdian masyarakat dan kerjasama dengan instansi lain
Tim Ad Hoc, yaitu tim yang dibentuk berdasarkan SK Dekan yang bertugas membantu pimpinan fakultas dalam melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi. Tim ad Hoc tersebut adalah: Badan Penelitian, Pengabdian Masyarakat, dan Kerjasama (BPPK), Tim Perencanaan dan Pengelolaan Penelitian Fakultas (TP3F), Tim Kurikulum, Tim Perencanaan dan Pengembangan, Tim Penilai angka kredit, Tim Gugus Jaminan Mutu, Tim Koordinasi Semester, Tim Koordinasi Kegiatan Akademik, Tim Career Guidance, dan Tim Tracer Study.Perpustakaan, Laboratorium, Kebun Biologi, Museum Biologi, Kantor Administrasi Fakultas
