Visi Program Doktor Program Studi Doktor Biologi Fakultas Biologi selaras dengan visi Fakultas Biologi, yakni menjadi program studi yang unggul, sebagai pusat pendidikan, pengembangan penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat di bidang biologi, khususnya biologi tropika, yang berdasarkan Pancasila dan berorientasi pada kepentingan bangsa.

Misi Program Doktor Program Studi Doktor Biologi Fakultas Biologi adalah:

1. Menyelenggarakan Program Doktor yang berkualitas sesuai dengan tuntutan zaman dalam rangka mencerdaskan dan memberdayakan bangsa, serta memelihara integrasi nasional.
2. Meningkatkan kualitas penelitian yang menopang pendidikan, kemajuan ilmu dan teknologi.
3. Meningkatkan pengabdian kepada masyarakat atas dasar tanggung jawab sosial demi kepentingan rakyat dengan menghasilkan lulusan yang unggul dan berwawasan luas, bermoral, tangguh, berjiwa pemimpin, dan menjaga jati diri bangsa.
4. Menjalin kerjasama secara berkelanjutan dengan lembaga pendidikan, penelitian, pemerintah, dunia usaha, dan masyarakat global.
5. Meningkatkan manajemen yang transparan dan berkualitas secara berkelanjutan.

Tujuan Program Doktor Program Studi Doktor Biologi Fakultas Biologi UGM adalah menyelenggarakan program Doktor melalui rangkaian proses pembelajaran, sehingga menghasilkan lulusan dengan kompetensi sesuai Peraturan Presiden Nomor 8 Tahun 2012 tentang Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI).

Sasaran Program Doktor Program Studi Doktor Biologi Fakultas Biologi adalah menghasilkan Doktor di bidang Biologi yang:

1. Mampu membawakan diri sebagai pribadi yang memiliki integritas tinggi, terbuka dan tanggap terhadap setiap kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi serta pembangunan masyarakat.
2. Unggul dan kompetitif di tingkat nasional maupun internasional yang bermartabat dan bermoral Pancasila.
3. Menguasai teori, konsep, metode dan kaidah-kaidah serta pendekatan biologi yang dibuktikan dengan naskah disertasi.
4. Mampu mengkomunikasikan pemikiran dan hasil karyanya kepada sejawat maupun masyarakat secara luas.
5. Mampu mengembangkan konsep ilmu di bidang keahliannya melalui penelitian.
6. Mampu melakukan pendekatan multidisipliner dalam berkarya di bidang keahliannya.