Arsip:

Penelitian

BIOLOGICAL AND MOLECULAR CHARACTERIZATION OF A NEW ISOLATE OF CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) IN INDONESIA

Penelitian Jumat, 29 Juli 2011

BIOLOGICAL AND MOLECULAR CHARACTERIZATION OF A NEW ISOLATE OF

CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS (CGMMV) IN INDONESIA

 
Budi Setiadi Daryono1, Tri Joko2, Alin Liana3, Utari Saraswati1
1 Genetics Laboratory, Faculty of Biology, Gadjah Mada University, Yogyakarta 55281 Indonesia (Corresponding e-mail: bs_daryono@mail.ugm.ac.id)
2 Laboratory of Agricultural Biotechnology, Faculty of Agriculture, Gadjah Mada University, Yogyakarta 55281 Indonesia
3 Faculty of Mathematics and Natural Sciences STKIP Pembangunan Indonesia Makasar, Makasar Indonesia

 

ABSTRACT

Cucurbits grow throughout the Java island of Indonesia as dry season crops. However, the cucurbits ultivation has been faced with virus infections that reduce their production. Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), which a member of the Genus Tobamovirus, has been reported infecting cucurbits in Indonesia. The most common symptoms of infected plants are leaf mosaic and mottling, growth stunting and malformation of leaf and fruit. The purpose of this research were to find out the occurrence of CGMMV infecting cucurbits in Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) and to identify the biological and molecular haracterization. Survey and samples collection were conducted in several fields in Sleman and Kulon progo, DIY during March – June 2009. Serological analysis confirmed that two angled loofah (Luffa acutangula L.) were positively infected by a virus related to Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), and called CGMMV-ILa isolate. The reaction of indicator plants to CGMMV-ILa were the necrotic local lesion on Chenopodium amaranticolor, Chenopodium quinoa, and Momordica charantia. The mosaic symptoms on Citrullus lanatus, Cucumis sativus, Luffa acutangula, Nicotiana tabacum var. Virginia, and the chlorotic symptoms on Cucumis melo, but the CGMMV-ILa did not infect Lycopersicon esculentum. The coat protein (CP) of purified CGMMV-ILa detected with molecular weight of about 16 kDa by SDSPAGE analysis. Viral and complementary CGMMV-specific primer sets were designed for spanning the genome using previously reported CGMMV sequence. About 500bp of Coat protein (CP) gene of CGMMVILa was amplified by RT-PCR. The nucleotide sequence of CP gene of CGMMV- ILa shared 81% identities with several isolate of CGMMV. Based on these result, we identified CGMMV- ILa as a CGMMV isolate of Luffa acutangula, a member of Tobamovirus.

Keywords: CGMMV, cucurbits, coat protein, RT-PCR

Get Full paper here

Penelitian Variasi Genetik Diperlukan Untuk Pemetaan Keragaman Plasma Nutfah Dalam Usaha Perlindungan Plasma Nutfah Indonesia

Penelitian Sabtu, 25 Juni 2011

Menurut Dian Aruni, S.Si, yang mempresentasikan hasil penelitiannya yang berjudul “Variasi genetik Vanda foetida J.J.S (Orchidaceae) pada Populasi Gunung Dempo dan Hutan Lindung Padiampe Sumatera Selatan Berdasarkan Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD)”. Vanda foetida merupakan anggrek endemik Sumatera Selatan, yang memiliki nilai komersial cukup tinggi. Hanya saja karena penebangan hutan dan eksploitasi berlebihan, kini keberadaan populasi anggrek kebanggaan Indonesia tersebut semakin sedikit dan terancam punah, oleh karena itu diperlukan suatu usaha konservasi genetik, salah satunya melalui penelitian tersebut.

Judul penelitian lain yang ditampilkan dalam seminar tersebut adalah “Klasifikasi Intraspesifik Discorea alata L. Dibanding Spesies Discorea Berdasarkan Molekular dengan Analisis  RAPD” yang disajikan oleh Drs. Purnomo, M.S. Menurut beliau, Indonesia memiliki keanekaragaman jenis Uwi yang sangat tinggi,  Uwi juga dapat tumbuh pada daerah karst, sehingga cocok digunakan sebagai tumbuhan untuk pemanfaatan lahan kritis. “Uwi memiliki banyak potensi untuk terus dikembangkan, antara lain untuk diversifikasi pangan dijadikan sweet potato dan soft drink, dapat dijadikan lem, dan beragam pemanfaatan lainnya”, ujar Drs. Purnomo, M.S. Sampel Uwi yang digunakan dalam penelitian tersebut berasal dari Pulau Jawa, Sumatera, Kalimantan, Sulawesi, Halmahera, Papua dan  berbagai daerah lainnya. “Melalui penelitian tersebut, dapat diketahui variabilitas Uwi di Indonesia berdasarkan teknik RAPD ”, imbuh beliau.

Selain kedua penelitian tersebut, dipresentasikan pula hasil penelitian yang berjudul “Isolasi dan Pengembangan Deteksi Coat Gene CGMMV (Cucumber green mottle mosaic virus) pada  Cucurbitaceae di DIY”, oleh Utari Saraswati, S.Si dan “Karakterisasi Kromosom Jagung (Zea mays L.) Lokal Madura Kultivar Talango dan Manding” oleh Sunu Perdananingtyas. Sebelum acara seminar tersebut ditutup, Ramdhan Nugraha, selaku ketua formasigen berharap agar apa yang telah disampaikan selama seminar tersebut dapat membuka wawasan dan bermanfaat bagi pengembangan ilmu. Laboratorium Genetika Fakultas Biologi UGM hingga saat ini, telah menghasilkan berbagai produk unggulan, antara lain Gama Ayam, Jagung, Biovincristine, Gama Melon Basket (GMB) dan Melodi Gama dengan keunggulannya lebih tahan penyakit dan hama, dan mengandung betakarotin dan vitamin C tinggi. (ardh)

 

Translate »