Bangkok, 19-20 November 2024 – Dalam upaya mengembangkan kapasitas riset farmakogenomik (PGx) di Fakultas Biologi UGM, Training HLA Typing for Pharmacogenomics using Nanopore Sequencing Technology digelar di Siriraj Medical Research Center (SiMR), Fakultas Kedokteran Siriraj Hospital, Mahidol University. Selama dua hari, 3 orang delegasi dari Integrated Genome Factory (IGF) Fakultas Biologi, yaitu Dr. Wiko Arif Wibowo, S.Si.; R. Aditya Aryandi S. S.Si., M.Sc.; dan Adhisa Fathirisari Putri, S.Si. mendalami teknologi aplikasi PGx menggunakan platform Oxford Nanopore Technologies (ONT) yang membuka peluang baru dalam layanan riset dan aplikasi klinis berbasis analisis genomik.
Training tersebut dilaksanakan dalam rangka mendukung rencana pengembangan kerjasama riset bersama berbagai rumah sakit. “Berdasarkan diskursus yang diinisiasi oleh pimpinan Fakultas Biologi dengan Rumah Sakit Akademik UGM, kami berusaha menjawab adanya kebutuhan pengembangan riset dan teknologi layanan klinis yang dapat dimanfaatkan oleh rekan-rekan klinisi, khususnya terkait farmakogenomik” ujar Aditya Aryandi selaku CEO IGF. Aditya juga menekankan bahwa IGF disini terbuka akan kolaborasi dan berperan sebagai hub yang akan membantu preparasi/analisis data, sementara layanan klinis kepada pasien dipegang secara penuh oleh rekan-rekan dokter di Rumah Sakit nantinya.
Training ini selain diikuti oleh tim IGF juga dari mitra pendukung penelitian genomik Indonesia, yaitu YSDS (Yayasan Satriabudi Darma Setia) dengan menyertakan peneliti dari Universitas Brawijaya, Universitas Warmadewa, dan universitas Tanjungpura. Selain itu, dalam kesempatan ini juga diikuti oleh praktisi representatif dari National Institute of Health, Thailand. Kegiatan training dipandu oleh Thidathip Wongsurawat, PhD (Tip), yang merupakan kepala divisi Medical Bionformatics, SiMR, yang telah mengembangkan berbagai prototipe dalam penelitian farmakogenomik menggunakan nanopore di kawasan Asia Tenggara.
Dalam riset farmakogenomik, Human Leukocyte Antigen (HLA) berperan penting sebagai penanda untuk berbagai reaksi pada tubuh manusia, salah satunya adalah reaksi adverse pada obat. Sehingga penting untuk dapat melakukan skrining HLA, dalam rangka menghindari gejala kesalahan penggunaan obat. Hal ini didasari oleh cukup tingginya fenomena alel sensitif HLA pada populasi spesifik Thailand dan Indonesia.
Hari pertama dimulai dengan pengenalan konsep farmakogenomik (PGx) dan metode HLA Typing menggunakan Nanopore Sequencing. Para peserta berlatih langsung dalam mempersiapkan sampel hingga tahap sekuensing. Di penghujung hari, peserta diminta untuk mempersiapkan gawai yang digunakan untuk dapat melakukan analisis bioinformatika, yang diawali dengan pengenalan operasi Linux dan Docker. Berlanjut pada hari kedua, fokus beralih ke aplikasi praktis. Hasil sekuensing pada hari pertama digunakan secara langsung untuk HLA-typing. Diawali dengan pengenalan perangkat lunak B-STAR (B*), dan juga dilengkapi dengan tahapan analisis manual mulai dari pengaturan variant calling menggunakan EPI2ME, serta teknik bioinformatika lain untuk mendapatkan genotipe. Acara ditutup dengan sesi interpretasi data, mendapatkan insight lansung dengan representatif NIH Thailand, yang membuka wawasan tentang cara memanfaatkan data genomik untuk mendukung keputusan klinis.
Training ini tidak hanya bertujuan untuk melatih dan melihat kondisi terkini HLA Typing, tetapi juga untuk membuka kerjasama dan surveillance antarnegara, yang mana mendukung Sustainable Development Goals (SDG)s point 3: Good Health and Well-Being dan SDG point 9: Industry, Innovation and Infrastructure. “Training ini adalah ajang berbagi pengetahuan dan dukungan antar kolega. Dengan peserta dari Indonesia dan pakar dari DMSC, NIH Thailand, kami berharap teknologi Nanopore dapat semakin diaplikasikan di kedua negara. Ini adalah pengalaman yang sangat kolaboratif dan menyenangkan,” ujar Thidathip Wongsurawat yang akrab disapa Tip. Hasil dari training ini lebih dari sekadar pemahaman teknologi. Jejaring yang terbentuk menjadi modal penting untuk mendorong kolaborasi riset lintas negara, khususnya dalam mempercepat implementasi farmakogenomik di Indonesia. Dengan antusiasme yang terlihat sepanjang acara, peserta diharapkan memiliki semangat baru untuk menerapkan teknologi Nanopore dalam memperkuat riset secara jangka panjang di masa yang akan datang.(Dr. Wiko Arif Wibowo, S. Si)
