Yogyakarta, 9 Mei 2025 — Setelah sukses menggelar Plenary Talkshow pada 17 April lalu, Integrated Genome Factory (IGF) melanjutkan rangkaian IGF Primers – Back to Basic dengan sesi Hands-on Workshop yang dilaksanakan sebanyak tiga sesi. Pada sesi pertama memperkenalkan peserta terkait dasar-dasar Command Line Interface (CLI), serta keterampilan fundamental dalam bioinformatika. Dipimpin oleh Matin Nuhamunada, M.Sc., Ph.D., peserta belajar menjelajahi sistem file, membuat dan mengelola file/folder, serta mengotomatisasi perintah dengan scripts. Peserta juga diperkenalkan dengan GitHub Copilot sebagai asisten AI untuk membantu memahami command line.
Sesi kedua dibawakan oleh Adhisa Fathirisari Putri, S.Si. dan Matin Nuhamunada, M.Sc., Ph.D., yang berfokus pada pengelolaan data Next Generation Sequencing (NGS). Peserta mempelajari manajemen environment dengan Conda, melakukan quality control pada data Oxford Nanopore Technology (ONT), dan analisis genomik lanjutan menggunakan platform EPI2ME. Sesi ini memberikan pemahaman praktis terkait pemrosesan data sekuensing DNA, dari basecalling hingga analisis taksonomi mikrobioma menggunakan workflow seperti wf-16s.
Sesi terakhir workshop, IGF menghadirkan pemateri dari luar yaitu Jens van Bijsterveld dari Universitas Leiden. Pada sesi ini Jens van Bijsterveld dan Matin Nuhamunada, M.Sc., Ph.D., memberikan gambaran kepada peserta terkait cara menganalisis dan memvisualisasi data biologis secara efektif. Peserta belajar tata cara mengimpor serta membersihkan data, melakukan tabulasi statistik deskriptif, dan membuat visualisasi berkualitas untuk publikasi ilmiah. Sesi ini menekankan pentingnya penyajian data yang informatif dan menarik untuk mendukung interpretasi dan komunikasi ilmiah, serta keterampilan krusial di era data-intensive genomics. Acara kemudian ditutup dengan sesi foto bersama.
Secara keseluruhan, workshop ini dirancang dengan pendekatan praktis yaitu mengadopsi dari kurikulum data carpentry yang disesuaikan dengan konteks kebutuhan riset bioinformatika di Indonesia. Puncak dari acara workshop ini adalah ‘mini project’ di mana peserta berhasil membangun situs web academic CV sederhana menggunakan GitHub Pages. “Kami ingin peserta tidak hanya memahami konsep, tetapi juga langsung mengaplikasikannya dalam proyek nyata. Dengan memiliki website pribadi, mereka bisa mulai membangun portofolio digital yang sangat penting untuk karier di bidang bioinformatika,” ujar Matin.
Sesi hands-on workshop merupakan bagian dari upaya IGF untuk meningkatkan kapasitas sumber daya manusia Indonesia dalam bidang bioinformatika, selaras dengan tujuan pembangunan berkelanjutan (SDGs) nomor 4 tentang pendidikan berkualitas. Dengan membekali peserta keterampilan dasar yang kuat, diharapkan mereka dapat berkontribusi lebih efektif dalam penelitian genomik dan bioinformatika di Indonesia.
