Sakura Science Program-Yamagata University-Laporan Perjalanan: Hari 5
Di hari kelima (20/02/2023) ini, Kami berkumpul di kampus sekitar pukul 08.30. Hal pertama yang kami lakukan adalah sarapan. Menu sarapan hari itu adalah bento ayam katsu. Setelah kami menikmati makanan yang lezat, kami menuju ke laboratorium. Sebelum kami melanjutkan percobaan, profesor memberi kami merchandise dari Universitas Yamagata. Merchandise yang diberikan termasuk tas jinjing, pulpen, mug, dan peta universitas Yamagata. Para mahasiswa yang telah mempersiapkan souvenir pun memberikan cinderamata dari Indonesia kepada para siswa Universitas Yamagata.
Begitu kami masuk ke laboratorium, kami menerima hasil PCR dari percobaan kemarin. Kami melanjutkan percobaan dengan melakukan Elektroforesis dengan gel Agarose. Setelah mencampur loading buffer dan sampel PCR, siswa mulai memasukkan sampel ke dalam sumur. Selama proses ini, para mahasiswa cukup gugup karena sulit untuk menstabilkan mikropipet dan menyuntikkan sampel ke dalam sumur. Beberapa berhasil memasukkan sampel ke dalam sumur pada percobaan pertama, sementara yang lain perlu mengulangi proses tersebut beberapa kali sebelum mereka dapat memasukkan sampel ke dalam sumur. Ketika semua kelompok selesai dengan sampel mereka, mereka memulai elektroforesis. Elektroforesis berjalan selama 20 menit pada 110 volt.
Terdapat dua kelompok yang selesai terlebih dahulu dan berhasil mendapatkan visualisasi dari transiluminator UV yang bagus. Sedangkan 3 kelompok lainnya tidak mendapatkan hasil yang baik, sehingga mereka harus mengulang percobaan elektroforesis. Pada percobaan kedua, mereka menggunakan sampel DNA, menggantikan sampel PCR dari percobaan sebelumnya. Hasil elektroforesis dari sampel DNA menunjukkan adanya DNA pada sampel, sehingga kami menyimpulkan bahwa masalahnya ada pada proses PCR yang dilakukan tempo hari. Karena alasan khusus ini, ketiga kelompok harus mengulang percobaan PCR.
Sementara tiga kelompok lainnya mengulang percobaan PCR, Dua kelompok yang telah berhasil melanjutkan percobaan mereka. Kedua kelompok ini selanjutnya memurnikan produk PCR dan mempersiapkan sample untuk proses sequencing.
Setelah makan siang, ketiga kelompok memasukkan sampel baru mereka ke dalam thermal cycler PCR. Sedangkan dua kelompok melakukan pemurnian produk PCR. Selama percobaan ini, sampel diperlakukan dengan heat-shock menggunakan thermal cycler pada suhu 95°C selama 2 menit. Setelah itu, mereka mengatur strip di atas plate dan memasukkannya ke dalam pendingin. Setelah selesai, sampel ditempatkan di penganalisis genetik SeqStudio (Thermo Fisher) untuk analisis sekuensing yang mengakhiri percobaan untuk Dua kelompok.
Sampel PCR untuk tiga kelompok lainnya baru siap pada saat Dua kelompok memasukkan sampel mereka pada SeqStudio. Setelah menyelesaikan PCR mereka, ketiga kelompok kemudian melakukan elektroforesis lagi. Hasil elektroforesis ketiga kelompok kali ini menunjukkan hasil yang cukup baik untuk melanjutkan eksperimen. Karena waktu itu sudah larut, kami akan melanjutkan percobaan keesokan harinya. (Syal&Saf).
