Indonesia sebagai negara megabiodiversitas memiliki potensi alam yang luas tidak hanya untuk bioprospeksi, namun juga sangat penting untuk melakukan penelitian bersifat monitoring biodiversitas. Distribusi dan keanekaragaman hayati menjadi penting untuk dapat menentukan key indicator kualitas lingkungan. Ditambah dengan berkembangnya teknologi next-generation sequencing, penelitian bidang monitoring ini dapat memanfaatkan adanya jejak environmental DNA (eDNA) yang dapat mengakselerasi pemetaan komunitas tidak hanya yang dapat disampling dengan teknik konvensional (seperti tumbuhan dan hewan penyusun ekosistem) namun juga dapat memetakan komunitas mikrobia yang tidak dapat dikultur didalamnya.
Sebagai bagian dari bentuk pelayanan pada para peneliti, IGF melalui program IGF MasterClass telah sukses menyelenggarakan pelatihan eDNA menggunakan metabarcoding bagi kolega peneliti dari Universitas Sriwijaya. Pelatihan dilaksanakan mulai tanggal 28 – 30 Oktober 2024 di Fakultas Biologi, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. Rangkaian pelatihan di buka oleh Wakil Dekan Bidang Keuangan, Aset, dan SDM, Fakultas Biologi UGM Dr. Slamet Widiyanto, S.Si., M.Sc., kemudian dilanjutkan dengan pengenalan dan dasar teori mengenai eDNA oleh Master Trainer Dr. Dwi Sendi Priyono, S.Si., M.Si. Hari pertama dilanjutkan dengan teknik sampling lapangan eDNA didampingi oleh Asisten Andryan, dan dilanjutkan dengan proses ekstraksi DNA hingga persiapan sampel PCR oleh Adhisa F. P, S.Si. dan Ashfiya Hanif, S.Si.
Setelah berhasil melakukan teknik sampling dengan baik dan benar, serta mendapatkan sampel sesuai dengan standar kualitas yang ditentukan, peserta didampingi tim IGF melakukan hands-on workflow library preparation pada hari kedua. Sesi ini dilaksanakan untuk menyiapkan proses sekuensing metabarcoding menggunakan platform berbasis teknologi Nanopore. Peserta sangat antusias dan interaktif dalam menjalani setiap proses pelatihan.
Tidak kalah penting, untuk mendapatkan interpretasi hasil metabarcoding yang baik, hari ketiga dilanjutkan dengan pengenalan interpretasi data. Dimulai dari pengenalan workflow operasi software Nanopore, hingga bagaimana cara merapikan, mengolah, serta merepresentasikan data yang sesuai dengan kualitas publikasi, bersama dengan Dr. Dwi Sendi Priyono, S.Si., M.Si. Rangkaian acara pelatihan ditutup oleh Dr. Eko Agus Suyono, M.App.Sc. selaku Wakil Dekan Bidang Penelitian, Pengabdian Masyarakat, Kerjasama, dan Alumni, Fakultas Biologi, UGM. Beliau menyampaikan bahwa semoga ilmu yang didapatkan dari pelatihan eDNA ini dapat diterapkan langsung oleh para peneliti di instansinya serta dapat berkolaborasi dengan IGF dan Fakultas Biologi UGM lebih lanjut.
“Pelatihannya sangat luar biasa, materi tersampaikan dengan baik oleh trainer muda yang berpengalaman sehingga mudah dipahami” ujar Dr Melki, S.Si., M.Si. di akhir sesi pelatihan.
IGF dan Fakultas Biologi UGM terus berupaya untuk meningkatkan kapasitas dan upaya kolektif untuk menjaga dan melestarikan biodiversitas hayati Indonesia, dengan mendorong teknologi genomik melalui platform sekuensing Nanopore. IGF dengan kapasitas ONT PromethION 24 yang dilengkapi Data acquisition Unit (DAU) mampu memiliki kapasitas pembacaan DNA 720 gb/hari, sehingga sangat memungkinkan untuk melakukan layanan dan kerjasama dengan berbagai institusi di Indonesia kedepannya.
