Tim peneliti dari Fakultas Biologi UGM yang diketuai oleh Ganies Riza Aristya, Ph.D., telah berhasil mencapai tonggak penting dalam penelitian genomik tanaman stroberi Indonesia dengan mengungkap dan mengkarakterisasi genom kloroplas lengkap dari kultivar stroberi unggulan lokal kulitiva Mencir. Penelitian yang didukung pendanaan Fundamental Dasar dari Kementerian Pendidian Tinggi, Sains dan Teknologi ini berhasil mengoptimalkan metode ekstraksi DNA berkualitas tinggi menggunakan modifikasi buffer CTAB, menghasilkan DNA dengan kemurnian dan konsentrasi optimal untuk sekuensing generasi berikutnya. Teknologi sekuensing nanopore ONT PromethION berhasil menghasilkan data genomik kloroplas yang lengkap, dengan total panjang 155.568 pasang basa, yang kemudian dirangkai dan dianotasi secara komprehensif.
Analisis mendalam terhadap genom tersebut mengungkap struktur dan organisasi gen-gen kritis yang terlibat dalam fotosintesis dan regulasi gen kloroplas, yaitu kelompok gen ndh, pet, dan rpo. Pemetaan struktur exon-intron, analisis conserved motifs, serta prediksi struktur 3D protein berhasil memberikan gambaran detail tentang kompleksitas dan kekhasan masing-masing kelompok gen. Lebih lanjut, penelitian yang beranggotakan 3 mahasiswa Fakultas Biologi yaitu Tika Nur Amini, Andreas Wibisono, Tan Rendy ini juga mampu menganalisis filogenetik yang kuat di antara spesies dalam famili Rosaceae, sekaligus memperkuat pemahaman mengenai sejarah evolusi dan pola pewarisan kloroplas pada stroberi hibrida komersial (Fragaria × ananassa).
Kegiatan penelitian ini tidak hanya menghasilkan data dasar yang sangat berharga, tetapi juga telah memenuhi sejumlah luaran nyata, dua publikasi penelitian di jurnal Internasional bereputasi, video dan poster diseminasi. Kerja sama sinergis dengan mitra lokal dengan Agrowisata Inggit stroberi di Magelang dan Sleman—dan mitra Integrated Genome Factory (IGF) di bidang genomik, telah memperkaya proses penelitian dan memastikan relevansi aplikatif hasil yang dicapai.
Secara strategis, pencapaian riset ini memberikan fondasi ilmiah yang kokoh untuk program pemuliaan stroberi berbasis marker molekuler dan teknologi gene editing seperti CRISPR/Cas9. Pada tahun kedua, penelitian akan berfokus pada validasi fungsional gen kandidat dan identifikasi quantitative trait loci (QTL) untuk sifat-sifat agronomi penting, seperti ketahanan penyakit dan efisiensi fotosintesis, yang langsung dapat dimanfaatkan oleh pemulia tanaman.
Akhirnya, kegiatan penelitian ini secara langsung berkontribusi pada pencapaian Tujuan Pembangunan Berkelanjutan (SDGs), khususnya SDG 2: Mengakhiri Kelaparan, Mencapai Ketahanan Pangan dan Gizi, serta Mengembangkan Pertanian Berkelanjutan. Dengan mengembangkan varietas stroberi unggul yang lebih produktif, tahan cekaman, dan adaptif terhadap kondisi lokal, penelitian ini mendorong sistem pertanian yang lebih tangguh dan berkelanjutan. Selain itu, melalui peningkatan kapasitas sumber daya manusia lokal dan transfer ilmu pengetahuan kepada petani (SDG 4: Pendidikan Berkualitas), serta kolaborasi multipihak yang inklusif (SDG 17: Kemitraan untuk Mencapai Tujuan), riset ini menjadi contoh nyata bagaimana sains genomik dapat diarahkan untuk mendukung kedaulatan pangan, pemberdayaan komunitas, dan pembangunan pertanian Indonesia yang berkelanjutan dan berkeadilan
