Perkembangan ilmu pengetahuan telah membawa monitoring biodiversitas menjadi jauh lebih mudah. Salah satu bukti kemajuan ilmu pengetahuan dalam monitoring biodiversitas ini adalah penggunaan environmental DNA atau lebih sering dikenal dengan istilah eDNA. Monitoring menggunakan eDNA merupakan metode baru berupa uji DNA yang memanfaatkan DNA yang dilepaskan oleh organisme ke lingkungan. Metode ini dinilai cukup efektif diterapkan untuk monitoring spesies langka ataupun spesies yang habitatnya berada pada lingkungan perairan. Penerapan eDNA pada lingkungan perairan seperti danau-danau di Indonesia menjadi hal yang cukup potensial sebab masih jarang digunakan. Terdapat begitu banyak danau di Indonesia dan beberapa danau tersebut masuk ke dalam danau prioritas nasional yang perlu diselamatkan karena kondisi lingkungannya yang kurang baik. Kondisi danau yang kurang baik tersebut tentunya dapat mempengaruhi keberlangsungan hidup biodiversitas di dalamnya Mengangkat isu tersebut, tim Merdeka Belajar Kampus Merdeka (MBKM) Fakultas Biologi yang diketuai oleh Dr. Dwi Sendi Priyono, S.Si., M.Si melakukan monitoring biodiversitas ikan menggunakan eDNA di Danau Rawa Pening. Bekerja sama dengan Institut Bioinformatika Indonesia (INBIO), tim MBKM Fakultas Biologi akan mengolah data hasil Next Generation Sequencing untuk mengetahui komposisi biodiversitas ikan di Danau Rawa Pening yang merupakan danau prioritas nasional.
Gambar 1. Proses pengambilan sampel eDNA di Danau Rawa Pening (14/05/23)
Pada 14 Mei 2023, tim MBKM-Penelitian telah melakukan sampling air dan sedimen di Danau Rawa Pening, Semarang, Jawa Tengah. Sampling dilakukan di dua titik di Danau Rawa Pening dan proses pengambilan sampel air dan sedimen dilakukan dengan grab sampler serta botol kaca gelap. Selain itu, juga dilakukan pengukuran faktor abiotik berupa dissolved oxygen (DO) air, suhu udara, suhu air, dan juga pH air.
Gambar 2. Proses ekstraksi DNA hasil sampling (14/05/23)
Sampel kemudian diekstraksi DNA-nya pada hari yang sama untuk menjaga kualitas DNA-nya. Tiga hari setelah ekstraksi DNA, dilakukan pengukuran kuantitas dan kualitas DNA dengan nanodrop untuk mengetahui kemurnian DNA. Hasil ekstraksi DNA yang kurang murni akan diulangi kembali dari awal untuk memastikan tidak ada kontaminan lainnya yang dapat mempengaruhi hasil identifikasi. Ekstrak DNA yang cukup murni kemudian dikirimkan ke PT. Genetika Science untuk proses sekuensing. Hasil dari sekuensing tersebut yang akan diolah datanya bersama INBIO Indonesia sehingga dapat diketahui komposisi biodiversitas ikan di Danau Rawa Pening.
